Образец ткани обычно фиксируют в 10% растворе формалина в физиологическом растворе. Для фиксации небольшого по объёму образца требуется меньше времени. Обычно препараты окрашивают гематоксилином и эозином, а также на соединительную ткань. Во всех случаях проводят исследование на железо и ШИК-реакцию с диастазой.
Окраску орсеином используют для выявления в гепатоцитах HBsAg (о наличии которого свидетельствуют однородные нежные гранулы коричневого цвета) и для обнаружения медьсвязывающего белка в лизосомах в виде черно-коричневых гранул, обычно располагающихся в перипортальных областях (зона 1). Последние указывают на наличие холестаза, а иногда также обнаруживаются при болезни Вильсона.
Столбики достаточной длины (3 мм), полученные из залитых парафином блоков, можно ретроспективно исследовать методом атомной абсорбционной спектрофотометрии на содержание железа и меди. При подозрении на перегрузку железом нельзя фиксировать образец в солевом растворе, так как это приводит к быстрой потере железа.
Образцы для электронной микроскопии фиксируют в течение нескольких секунд в глутаральдегиде и сохраняют при 4°С до исследования. Электронная микроскопия особенно ценна для диагностики опухолей неясного происхождения и болезней накопления, включая болезни Вильсона, Ниманна—Пика и синдром Дубина—Джонсона.
Серийные срезы важны для выявления гранулём, которые характеризуются неравномерным распределением в печени. Препараты для цитологического исследования получают путём приготовления мазка из основной части аспирата.
| 
