Число биопсий сохраняется на определённом уровне за счёт их выполнения у больных с хроническим гепатитом и в связи с трансплантацией печени.
Распознавание острой лекарственной болезни печени, в том числе её отграничение от острого вирусного гепатита, может представлять трудности. Установлению правильного диагноза способствует анамнез.
Хронический гепатит остаётся основным показанием к биопсии печени, которая необходима для установления диагноза, прослеживания прогрессирования и особенно для оценки эффективности лечения. Степень выраженности воспаления (активность) и фиброза (прогрессирование) может быть оценена полуколичественным методом (шкала Кноделя). Для установления диагноза цирроза печени необходима окраска на соединительную ткань.
При алкогольном поражении печени биопсию выполняют для установления диагноза и определения прогноза, а также как средство удерживания больного от дальнейшего употребления алкоголя.
Холестаз. Внепеченочный холестаз обычно диагностируют путём чреспечёночной и эндоскопической холангиографии в комбинации с УЗИ и КТ, не прибегая к биопсии печени. Биопсия особенно ценна при поражении мелких жёлчных протоков (дуктопении): при первичном билиарном циррозе, склерозирующем холангите с поражением мелких протоков, хроническом лекарственном холестазе, саркоидозе с синдромом холестаза, болезни «трансплантат против хозяина».
Инфекции. Список инфекций включает туберкулёз, бруцеллёз, сифилис, гистоплазмоз, кокцидиомикоз, пиогенную инфекцию, лептоспироз, амёбиаз, оппортунистические инфекции, такие как герпес, цитомегаловирусная инфекция и криптоспоридиоз. По показаниям следует использовать соответствующие окраски для подтверждения этиологической роли микроорганизмов и проводить бактериологическое исследование части полученного образца ткани. Биопсию печени применяют для поиска причин лихорадки неясного происхождения.
Болезни накопления включают амилоидоз, болезни накопления гликогена . Возможна диагностика гемохроматоза и болезни Вильсона, а при серийных биопсиях — оценка эффективности лечения.
Ортотопическая трансплантация печени. Биопсию печени производят перед трансплантацией и после неё для диагностики осложнений: реакции отторжения, инфекции, истечения жёлчи. Контроль с помощью биопсии, выполняемой в течение 5 сут, особенно важен для диагностики эпизодов реакции отторжения.
Трансплантация почки. Биопсию печени используют для диагностики хронического заболевания печени у реципиентов, которым предстоит пересадка почки.
Очаговые поражения печени диагностируют путем прицельной биопсии под контролем методов визуализации.
Другие показания включают гепатомегалию, спленомегалию и изменения биохимических показателей крови неясной этиологии, особенно при подозрении на жировую печень.
| 
